Azərbaycan Respublikasının Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi yanında Milli Hidrometeorologiya Xidməti Azərbaycan Respublikasının ərazisində, o cümlədən Xəzər dənizinin (gölünün) Azərbaycan Respublikasına mənsub olan bölməsində, hidrometeorologiya, o cümlədən meteorologiya, aviameteorologiya, aqrometeorologiya, hidrologiya, okeanologiya, iqlimşünaslıq və atmosfer proseslərinə fəal təsir işlərinin aparılması, məlumatların toplanılması, təhlili, hazırlanması, saxlanılması və ötürülməsi, metrologiya və standartlaşdırma fəaliyyətinin təşkili, təbii mühitin, o cümlədən atmosfer havasının, yeraltı su obyektləri istisna olmaqla, su obyektlərinin monitorinqi və su kadastrının aparılması sahələrində dövlət siyasətinin həyata keçirilməsində iştirak edən, Azərbaycan Respublikasının Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyinin  strukturuna daxil olan qurumdur.

Xidmət öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasını, Azərbaycan Respublikasının tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələri, Azərbaycan Respublikasının qanunlarını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikasının Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi yanında Milli Hidrometeorologiya Xidməti haqqında haqqında Əsasnaməni və Nazirliyin hüquqi aktlarını rəhbər tutur.

Xidmətin fəaliyyət istiqamətləri aşağıdakılardır:

1. Müvafiq sahədə dövlət siyasətinin formalaşdırılması ilə bağlı Nazirliyə təkliflər vermək;
2. Azərbaycan Respublikasının ərazisində atmosferin yüksək təbəqələri də daxil olmaqla hidrometeoroloji hadisələrin və proseslərin öyrənilməsi, təhlil edilməsi, proqnozlaşdırılması və bu sahədə elmi araşdırmaların təşkili üzrə fəaliyyəti həyata keçirmək;
3. Azərbaycan Respublikası ərazisinin, o cümlədən Xəzər dənizinin (gölünün) Azərbaycan Respublikasına mənsub olan bölməsinin hidrometeoroloji rejiminin və iqlim xüsusiyyətlərinin öyrənilməsinin, atmosfer havasının, yeraltı su obyektləri istisna olmaqla, su obyektlərinin monitorinqinin və su kadastrının aparılmasının, habelə yerüstü suların dövlət uçotunun aparılmasını təmin etmək;
4. Hidrometeoroloji (meteoroloji, hidroloji, okeanoloji, aqrometeoroloji, aktinometrik, radiometeoroloji və aeroloji) müşahidələr aparılması işlərini təşkil etmək;
5. Dövlət və yerli özünüidarəetmə orqanlarının, hüquqi və fiziki şəxslərin müvafiq sahədə qanunvericiliyin tələblərinə riayət etmələri üçün tədbirlər görmək;
6. Aidiyyəti elmi müəssisə və təşkilatları cəlb etməklə, müvafiq sahədə elmi tədqiqat fəaliyyətinin həyata keçirilməsini təşkil etmək.